I "Nelly Rapp och anden i flaskan" har Valle äntligen börjat i samma klass som Nelly. Deras underbara lärare, Birgitta, ska precis gå i pension och berättar att hon planerar att bygga ett laboratorium i garaget för att försöka forska fram ett miljövänligt bränsle. Men när Nelly Rapp och Valle går upp på skolans vind ramlar de över en alldeles levande ande i en flaska...