Timmy och vännerna förföljer den vita apan, som stulit Skriftrullen om alltings ursprung. Jakten leder in i den djupa djungeln, full av blodtörstiga pirater och dödliga fällor, mot den uråldriga ubåtsbasen Nexor. Där sägs den mytomspunna "Skrivaren" hålla till, men varför är apan på väg dit? Gamla hemligheter uppdagas och förrädare avslöjas i den tredje boken om Ninja Timmy.