Världens största ubåt är försvunnen! När Willy och hans lillebror Jamie får höra nyheten blir de alldeles förfärade. Någon måste hjälpa de stackars sjömännen innan all deras luft tar slut. Men vart kan de vara? Tillsammans med björnen Randolph och Rätt-håll-fågeln ger sig Willy ut på havet för att rädda ubåten. Men det visar sig snart bli svårare än han trott. Det finns nämligen en mördarmakrill som heter Markus...