När Fluttershy och hennes bästa kompisar har picknick med sin nya vän Tempest Shadow får de plötsligt ett meddelande från sjöponnyernas prinsessa Skystar. Hon har utegångsförbud och är jätteuttråkad och undrar om inte vännerna kan komma på besök. Fluttershy bestämmer sig genast för att åka dit och hälsa på.Men hon hinner knappt förvandlas till en sjöponny innan hon kastas in i ett nytt äventyr under havets yta. Det är något som inte stämmer i Seaquestria och Fluttershy måste hjälpa till - annars kan vad som helst hända! -